Rafineria Gdańska posiada własną infrastrukturę kolejową która odgałęzia się od torów PKP PLK S.A. na stacji Gdańsk Olszynka w kilometrze 10,596 linii 226 Pruszcz Gdański – Gdańsk Port Północny. Spółka zgodnie ze Świadectwem Bezpieczeństwa nr 089/ZI/21 posiada status zarządcy.
Bocznica zgodnie ze Statutem jest prywatna nie podlegająca udostępnianiu z wyjątkiem OIU. Na terenie bocznicy są zlokalizowane następujące obiekty infrastruktury usługowej: warsztat utrzymania wagonów, warsztat utrzymania lokomotyw, oczyszczalnia cystern.